El Ordenamiento Ecológico Marino (OEM) ha sido adoptado en México como el instrumento de política ambiental que atiende las problemáticas marinas y da certidumbre a las actividades inherentes que ahí se desarrollan. Sin embargo, su ejecución aún representa un desafío para el gobierno, quién ha solicitado la participación activa del gremio científico en la elaboración de propuestas para mejorar los planes operativos de los OEM: los Programas de Ordenamiento Ecológico Marino (POEM). En el presente artículo se revisa el aporte de la academia, la construcción de los POEM y los retos que prevalecen para lograr una implementación efectiva de los OEM. México es un país con tantas lecciones aprendidas como por aprender. Futuras agendas de investigación debieran trascender a un siguiente nivel de discusión, donde se priorice articular acciones que busquen: 1) armonizar los OEM con otros instrumentos de manejo costero y marino, 2) promover y desarrollar un manejo adaptativo a través de indicadores de monitoreo y evaluación, 3) hacer más eficiente la planeación socialmente inclusiva, y 4) favorecer el desarrollo de capacidades a todos los niveles de decisión sobre el manejo integral de la zona costera y marina.