Para comprender la variabilidad física, química e hidromorfológica de los ríos en la zona altoandina tropical (sobre los 2000 msnm) se muestrearon 123 ríos de ocho cuencas hidrográficas de Ecuador y Perú, seleccionados según criterios de distribución en latitud y altitud, así como el grado de alteración antrópica. Los muestreos se realizaron entre octubre 2007 y octubre 2008, coincidiendo con la época seca en ambos países. En cada localidad se midieron tanto parámetros físicos y químicos (i.e., temperatura, oxígeno disuelto, conductividad, fosfatos, nitritos, nitratos, amonio, etc.) como hidromorfológicos (i.e., altitud, índice de calidad riparia (QBR), calidad y naturalidad de la cubierta vegetal de la ribera, naturalidad del canal fluvial, índice del hábitat fluvial (IHF), frecuencia de rápidos, composición del sustrato). A nivel regional (entre cuencas) la mineralización, las características hidromorfológicas y la heterogeneidad del hábitat mostraron ser los factores de mayor importancia para explicar la variabilidad encontrada. La temperatura, oxígeno disuelto y heterogeneidad del hábitat fueron los parámetros relevantes en el gradiente altitudinal, mientras que la mineralización lo fue en el gradiente latitudinal. La significación o importancia de un factor u otro parecen estar determinados en gran medida por el nivel espacial estudiado (localidad, cuenca, región). Sin embargo, se determinó que a nivel regional la altitud y las variables que cambiaron con ella, como temperatura y oxígeno disuelto, son siempre significativas independientemente de la ubicación latitudinal de la cuenca.