Se evaluó el efecto del flujo de agua sobre la eficiencia de tapetes microbianos para remover nitrógeno amoniacal total (NAT, N-NH4+ + N-NH3), nitritos (N-NO2-), nitratos (N-NO3-) y ortofosfatos (P-PO4-3) en un sistema de recirculación piloto para el cultivo de camarón blanco del Pacífico, Litopenaeus vannamei. Se evaluaron cuatro flujos de agua durante un período de 40 días: 5,2 ± 0,3 (A), 6,6 ± 1,3 (B), 8,4 ± 0,3 (C) y 12,2 ± 0,7 (D) L min-1. Las concentraciones de NAT y nitritos fueron significativamente menores (P < 0,05) en los tratamientos de mayor flujo (C y D) con concentraciones menores a 0,6 mg L-1 y 0,7 mg L-1, respectivamente. Los nitratos aumentaron en todos los tratamientos a lo largo del experimento y sus concentraciones finales fueron estadísticamente mayores en los tratamientos con mayor flujo (7,1 mg L-1). No se encontraron diferencias en la remoción de ortofosfatos entre los tratamientos (P &gt; 0,05), y su concentración en los sistemas de cultivo alcanzó valores de 4,63 ± 0,76 mg L-1. La tasa de crecimiento de los camarones se mantuvo cercana al valor esperado de 0,7 g semana-1. En este trabajo se demostró que el flujo de agua posee un efecto importante en la capacidad de los tapetes microbianos para la biorremediación de amonio y nitritos en sistemas recirculados. Se recomienda continuar con la identificación de otras variables que podrían afectar el óptimo funcionamiento de los tapetes microbianos.