El tamaño de la abertura de malla en tamices para retener macrofauna bentónica, podría afectar la estimación de los indicadores bióticos que describen el estado del sistema béntico submareal. El objetivo de este estudio fue determinar el efecto que tendría el límite inferior de abertura de la malla en las estimaciones de indicadores bióticos en dos centros de cultivo de mitílidos en el Seno de Reloncaví, Puerto Montt, Chile. Los datos fueron colectados desde muestras de sedimento obtenidas en estaciones ubicadas dentro y fuera (referencia) de los centros de cultivo. Se identificó y cuantificó la macrofauna bentónica con mallas de ≥500 μm y ≥1 mm. Se estimó el índice biótico marino (AMBI), la diversidad de Shannon-Wiener (log2) y riqueza de especies. Los resultados de ambos tamices se compararon mediante prueba t. La especie más abundante en ambas localidades fue el poliqueto Chaetozone setosa, asignado al grupo ecológico GE IV, y la Clase Ostracoda, asignada según expertos chilenos al grupo ecológico GE II. Sólo se observó diferencias significativas en la riqueza de especies en las estaciones dentro del cultivo en el Centro 2. La caracterización de los sitios muestreados en términos de indicadores bióticos permitió identificar que el estado ecológico del bentos de los centros de cultivo se encuentra dentro de los rangos aceptables según límites establecidos para diversidad y AMBI. El uso de la malla de 500 μm aumentó la abundancia de especies oportunistas respecto de lo observado con malla de 1 mm pero no cambió significativamente la clasificación del estado ecológico.