La distinción taxonómica es una medida de diversidad que presenta una serie de ventajas que dan connotación relevante a la ecología teórica y aplicada. La utilidad de este tipo de medida como otro método para evaluar la biodiversidad de los ecosistemas marinos bentónicos de fondos blandos del Golfo de Batabanó (Cuba) se comprobó mediante el uso de los índices de distinción taxonómica promedio (Delta+) y la variación en la distinción taxonómica (Lambda+) de las comunidades de moluscos. Para este propósito, se utilizaron los inventarios de especies de moluscos bentónicos de fondos blandos obtenidos en el periodo 1981-1985 y en los años 2004 y 2007. Ambos listados de especies fueron analizados y comparados a escala espacial y temporal. La composición taxonómica entre el periodo y años estudiados se conformó de 3 clases, 20 órdenes, 60 familias, 137 géneros y 182 especies, observándose, excepto en el nivel de clase, una disminución no significativa de esta composición en 2004 y 2007. A escala espacial se detectó una disminución significativa en la riqueza taxonómica en el 2004. No se detectaron diferencias significativas en Delta+ y Lambda+ a escala temporal, pero si a escala espacial, hecho que se puede atribuir al efecto combinado del incremento de las actividades antropogénicas en la región con los efectos inducidos por los huracanes. Estos resultados sugieren que el par de índices Delta+ y Lambda+ son buenos descriptores de la biodiversidad de las comunidades de moluscos bentónicos de fondos blandos del Golfo de Batabanó.