Por primera vez se hace un catastro exhaustivo sobre la diversidad de poliplacóforos en la zona sur de la Provincia Panameña (Ecuador-Perú), correspondiente a la ecorregión de Guayaquil. Se recolectaron quitones de cinco localidades y se estimó su diversidad y similitud de los ensambles. Durante invierno de 2013 y verano 2013-2014 se recolectó un total de 539 quitones pertenecientes a 11 especies. La diversidad disminuyó de norte a sur debido a un fuerte recambio de especies y la dominancia local de algunos taxa. El análisis de ordenación sugiere dos grupos faunísticos, uno compuesto por las localidades de Montañita y Santa Rosa en Ecuador, y Bonanza en Perú, y otro compuesto por las localidades peruanas de Pocitas y Lobitos. Las especies que más contribuyen a la diferenciación son Ischnochiton dispar, Acanthopleura echinata y Acanthochitona ferreirai. La diversidad de poliplacóforos en esta parte de la Provincia Panameña es pobre comparada con el mayor número de especies reportadas en Chile, México y Puerto Rico. Se sugiere que el tipo de hábitat y la oferta ambiental de alimento serían factores importantes en las diferencias en diversidad.