Los ambientes marinos están sujetos a presiones antropogénicas que afectan su biodiversidad y diversidad funcional. Los estudios con enfoque funcional identifican el papel de las especies en el ecosistema mediante el análisis de sus atributos; esto representa una alternativa más robusta que los estudios clásicos de enfoque taxonómico. Tradicionalmente sólo los atributos tróficos han sido considerados en los análisis de diversidad funcional en ecosistemas marinos, cuando existe una infinidad de atributos no tróficos relacionados con la funcionalidad de las especies. Se analizaron algunos índices de estimación de la diversidad funcional, así como el proceso de selección de los atributos funcionales para entender críticamente su utilidad. El enfoque funcional podría ser fundamental para mejorar su comprensión y generar medidas efectivas de protección que permitan desacelerar y de ser posible, revertir el proceso de pérdida de la biodiversidad a escala global. Finalmente, se reformulan preguntas de investigación y propuestas de hacia dónde se debería enfocar esta área del conocimiento.