Se analizó sobre la base del polimorfismo del cromosoma Y del ADN, el origen étnico de linaje paterno en dos subpoblaciones amerindias del nordeste argentino exindidas de un mismo ancestro. Una de las subpoblaciones fue obtenida en San Salvador de Jujuy ubicado a 1.200 m sobre el nivel del mar y la segunda en los habitantes de Humahuaca con una altitud que fluctúa entre 2.500 a 3.500 metros. Encontramos un porcentaje de 40,5% de integración del cromosoma Y de origen hispano en el total de muestras de amerindios. Sin embargo esta integración fue de un 64,3% en SS de Jujuy (1.200 m aproximadamente) que es el nivel andino de menor altura y de 27.6% en Humahuaca (2.500 m o más sobre el nivel del mar) definiendo una menor integración hispánica en concordancia con la altura. (P< 0.05). La subpoblación que habita a 1.200 m mostró también una variación genética del cromosoma Y significativamente alta. Estos hallazgos, tienen una buena correlación con la información histórica de la conquista de América, que fue hecha por hombres que mantenían uniones poligámicas con mujeres amerindias. SS de Jujuy es la región más noreste donde se encuentra una mezcla genética de amerindios, en Argentina.