El presente artículo tiene por objetivo analizar la configuración de la ciudadanía que viven poblaciones indígenas habitantes de la ciudad de Querétaro, México. Para esto se parte de una definición amplia de ciudadanía que busca ir más allá del ámbito jurídico e involucra prácticas políticas, económicas, espaciales y culturales desplegadas en la vida cotidiana. Desde esta perspectiva, se exploran las implicaciones de los marcos institucionales y los ordenamientos socioespaciales en el ejercicio de la ciudadanía de poblaciones indígenas de bajos recursos habitantes del barrio San Francisquito, en el centro histórico de Querétaro. Se destaca la existencia de dinámicas institucionales y fronteras socioespaciales que reproducen categorizaciones sobre las poblaciones indígenas en la ciudad, las cuales las relegan a un lugar subordinado y a ser ciudadanos de segunda clase. Este trabajo busca contribuir al entendimiento de las relaciones entre las poblaciones indígenas, las instituciones y el espacio urbano, a partir de tomar como eje transversal el concepto de ciudadanía.