The article sets out the main theoretical and methodologic assumptions of a research program in complexity and transdiscipline, oriented against this specific background to map epistemologic critics nodes in initial teacher training (ITT). The referential frame of the investigation, like their prospective methodologic one, concentrated in three described axes of mental fracture for the EIF, that is to say: separation theory/praxis, formative disjunction discipline/pedagogy and isolation between the disciplinary dominions diversity of pedagogical formation. The main interpretative nuclei of a work of field in three institutional contexts of ITT in Chile are exposed.  El artículo expone los principales supuestos teóricos y metodológicos de un programa de investigación en complejidad y transdisciplina, orientado en este contexto específico a cartografiar nodos epistemológicos críticos en formación inicial docente (FID). El marco referencial de la investigación, como su prospectiva metodológica, se centra en tres ejes de fractura cognitiva descritos para la FID, a saber: desvinculación teoría/praxis, disyunción formativa disciplina/pedagogía e incomunicación entre los diversos dominios disciplinarios de formación pedagógica. Se exponen los principales núcleos interpretativos de un trabajo de campo en tres contextos institucionales de FID en Chile.