Los avances científicos en relación a las propiedades saludables de los probióticos han aumentado significativamente, mostrando grandes avances en su efecto sobre diferentes funciones fisiológicas. Los hallazgos demuestran que las acciones a nivel fisiológico o clínico son cepa específicos, aspecto que toma cada día mayor relevancia en el desarrollo de alimentos funcionales asociados a probióticos. Teniendo en cuenta la importancia de estos avances, este artículo presenta de forma resumida evidencia que sustenta los principales efectos clínicos atribuidos a los probióticos en enfermedades relacionadas con el sistema digestivo, función inmune y metabolismo lipídico, patologías en las cuales el desarrollo de alimentos funcionales se ha venido enfocando.