RESUMEN La microbiota intestinal (MI) es considerada como un nuevo blanco para la prevención y manejo nutricional de las alteraciones inflamatorias y metabólicas asociadas a las enfermedades crónicas no-transmisibles. Los prebióticos son principalmente fibras solubles cuyo consumo favorece el crecimiento de poblaciones bacterianas beneficiosas de la MI e impacta favorablemente la salud del consumidor. Esta revisión presenta a los fitoquímicos dietarios, que incluyen a más de 8.000 compuestos, como una nueva clase de prebióticos debido a su capacidad de estimular poblaciones de Lactobacillus, Bifidobacterium, Akkermansia y de bacterias productoras de butirato en el colon, a expensa de bacterias potencialmente dañinas como C. histolyticum. Además, los fitoquímicos son transformados por la MI en múltiples metabolitos que ejercen actividades biológicas a veces más potentes que la molécula inicial de la cual provienen. Individuos con distintos metabotipos han sido descritos de acuerdo a su capacidad de responder al consumo de isoflavonas, lignanos o elagitaninos, dependiendo de la presencia en su MI de bacterias capaces de transformar dichos polifenoles en equol, enterolactona/enterodiol y urolitinas, respectivamente, los cuales exhiben actividades biológicas. Valerolactonas y ácidos aromáticos también son producidos por la MI a través del metabolismo de las proantocianidinas. El efecto prebiótico de los fitoquímicos contribuiría a explicar los efectos saludables del consumo de frutas y verduras ricos en fitoquímicos.