La indagación científica es un concepto ampliamente usado en el ámbito escolar los últimos años, especialmente en el área de las ciencias naturales. En Chile, esta metodología ha sido implementada desde el año 2003 por el programa Enseñanza de la Ciencia Basada en la Indagación, ECBI Chile, y considera un ciclo indagatorio de 4 fases: focalización, exploración, reflexión y aplicación. El presente artículo expone los resultados de una investigación cuyo objetivo fue analizar las percepciones de estudiantes de educación básica respecto de su experiencia de trabajo con secuencias de aprendizaje basadas en la metodología de indagación científica. El estudio, de carácter cualitativo y con enfoque descriptivo-interpretativo, se realizó a través de la construcción de 5 categorías: estrategias concretas, clases no tradicionales, emociones, contextualización de la aplicación y utilidad. El análisis puso en evidencia que el uso de estrategias de indagación, en lugar de aquellas utilizadas tradicionalmente, modifica la visión de los/as estudiantes sobre las clases de Ciencias Naturales y su significado para la vida, demostrando sus preferencias ante aprendizajes vivenciales, en donde pueden expresar sus sentimientos y emociones libremente.Scientific inquiry is a widely used concept in the school environment in recent years, especially in natural sciences. In Chile, this methodology has been implemented by the Inquiry-Based Science Education program, ECBI Chile, since 2003 and comprises a 4-phase inquiry cycle: focus, exploration, reflection, and application. The objective of this research, whose results are presented in this article, was to analyze the perceptions of students of basic education about their work experience with learning sequences based on the methodology of scientific inquiry. This qualitative study with descriptive-interpretative approach was carried out through the construction of 5 categories: concrete strategies, non-traditional classes, emotions and contextualization of the application and utility. The analysis showed that the use of scientific inquiry instead of those traditionally used (mainly expositive) modifies the student’s vision on the Natural Sciences classes and its meaning for life, consolidating their preferences for experiential learning, where they can express their feelings and emotions freely.