A pesar de que la ciudad de Quito fue declarada patrimonio cultural de la humanidad en 1978 por poseer uno de los centros históricos coloniales más representativos de Latinoamérica, no ha existido el interés por abordar investigaciones arqueológicas profundas. La intención de este artículo es contribuir al conocimiento de su origen colonial y prehispánico, registrado en el estudio presentado, en el que existe una estrecha relación entre el pasado precolonial y colonial. Entre los años 1988 y 1991 se llevó adelante una excavación sistemática en el convento de Santo Domingo de Quito, con el objetivo de identificar restos de su construcción original. El trabajo en el terreno posibilitó la recuperación de evidencia arquitectónica compuesta por antiguos muros y pisos asociados a cerámica precolonial y colonial. Se registraron también las primeras huellas de ocupación preinca, tanto en el ala norte como en el atrio del convento, lo que demuestra que este espacio, antes de la conquista española, estaba ocupado por un posible cementerio local tardío asociado al período de Integración entre 500 d.C. a 1500 d.C. y específicamente a la cultura Quito.