Los hongos patógenos generan enfermedades en distintos cultivos y afectan el rendimiento y producción de alimentos. El control mediante fitosanitarios puede implicar un riesgo para la salud humana y el ambiente. En este contexto la utilización de los metabolitos vegetales como potenciales bio-controles de patógenos son una alternativa sustentable. El objetivo de este estudio fue evaluar la acción antifúngica de seis compuestos de origen vegetal, daidzeína, genisteína, dos chalconas, vainillina e iso-vainillina, sobre el crecimiento in vitro de patógenos que actúan en cultivos de interés alimentario. Se evaluó la Concentración Inhibitoria Mínima (CIM) y la Concentración Fungicida Mínima (CFM) de cada compuesto químico mediante el método de microdilución en caldo frente a cinco géneros fúngicos: Alternaria sp., Cladosporium sp., Fusarium (F. graminearum, F. subglutinans, F. proliferatum, F. oxysporum), Phomopsis longicolla, y Rhizopus stolonifer. Los resultados indicaron que daidzeína, genisteína, iso-vainillina y CH1 no presentaron acción inhibitoria y/o fungicida en concentraciones menores a 250 µg mL-1. CH2 se caracterizó por inhibir a cuatro aislamientos pertenecientes a tres géneros en diferentes concentraciones y presentar actividad fungicida sobre dos de los mismos. La vainillina demostró ser efectiva para inhibir y/o eliminar la totalidad de los aislamientos (nueve) incluidos en los cinco géneros fúngicos evaluados con concentraciones menores a 250 µg mL-1. Se concluyó que los metabolitos de origen vegetal como la vainillina y CH2 presentaron capacidad antifúngica en diferente grado y especificidad sobre los aislamientos.