La clasificación y sistematización de la diversidad biológica es uno de los temas de la filosofía de la ciencia en donde confluyen de manera notable cuestiones ontológicas, epistemológicas y discusiones acerca de la naturaleza del significado lingüístico. Surgen aquí, por ejemplo, preguntas acerca de cuál es la naturaleza de los objetos a clasificar, cómo los límites de nuestro conocimiento de la realidad biológica afectan la selección de los sistemas de clasificación posibles y cómo se establece el significado de los términos que usamos para clasificar los objetos biológicos.