Los desacuerdos acerca de la ontología científica han sido frecuentemente reconstruidos como el resultado de una disputa entre stances epistémicas rivales. En el presente trabajo, (i) caracterizamos algunos de estos desacuerdos como desacuerdos profundos. Además, (ii) mostramos que los desacuerdos profundos sobre ontología científica pueden surgir no solo de la adopción de diferentes stances epistémicas, sino entre posiciones que se encuadran dentro de una misma stance. El desarrollo de ese punto nos permite, a su vez, establecer una distinción entre tipos de desacuerdos profundos y explorar la posibilidad de que existan diferencias de grado entre ellos.