En este trabajo se presenta el proceso de diseño, validación e implementación de una secuencia de aprendizaje de las interacciones intermoleculares en química orgánica empleando un enfoque pedagógico basado en la indagación científica de tipo acoplada, donde se incorporan aspectos de una indagación abierta e indagación guiada. La secuencia se sustenta en un ciclo de aprendizaje constructivista y bajo un enfoque cualitativo que promueve procesos de modelización. Este estudio fue aplicado a una muestra de 32 estudiantes de segundo año medio en un liceo de la ciudad de Viña del Mar en la asignatura de química. Las actividades de aprendizaje se centran en representar las interacciones intermoleculares en compuestos orgánicos y busca promover la representación de fuerzas intermoleculares cuyas características pueden explicar el comportamiento de compuestos orgánicos en un contexto cotidiano que sea conocido por el estudiantado, el cual puedan explicar y comunicar a sus pares. Para ello se recurrió a la tipología de Kozma y Russell para hacer la clasificación de sus representaciones. Los resultados sugieren que, al término de las actividades de aprendizaje, disminuyen las respuestas de nivel 1, representadas físicamente, y aumentan las respuestas en el nivel 2, nivel 3 y nivel 4, esta última, representando símbolos formales correctamente descritos. Se concluye así que la secuencia de actividades promueve en los estudiantes la habilidad de modelizar interacciones intermoleculares.