This paper aims to determine the incidence that certain emotions (fear, loneliness, uncertainty and stress) generalized by the Covid-19 pandemic and the implementation of a virtual education system in an improvised manner have provoked in students at different moments of their academic life (high school, EVAU and university). A mixed method research design was carried out based on a questionnaire and three focus groups with university students (n=451). The results show that these emotions were not present to the same degree in these three periods. The study proves that being in a familiar learning environment such as high school allows us to control the factors of fear, uncertainty and loneliness (but not stress), while in novel situations, such as the EVAU or university, these emotions are significantly more complicated to manage. The feeling of loneliness was experienced with significantly greater intensity during the university period. This research discusses some key issues for the emotional management of students in future crises.Se presenta un estudio enfocado en la incidencia que determinadas emociones (miedo, soledad, incertidumbre y estrés) generalizadas por la pandemia de la Covid-19 y la implantación de un sistema educativo virtual de manera improvisada han provocado en los estudiantes en diferentes momentos de su vida académica (instituto, EVAU y universidad). Se diseñó una metodología mixta basada en un cuestionario y tres grupos de discusión con alumnos universitarios (n=451). Los resultados observan que estas emociones no estuvieron presentes en el mismo grado en estos periodos. Se evidencia que el desempeño en un espacio de aprendizaje conocido como el instituto permite contener los factores de miedo, incertidumbre y soledad (pero no el estrés); mientras que en situaciones nuevas, como la EVAU o la universidad resultan significativamente más elevados y complicados de gestionar. La sensación de soledad fue experimentada con una intensidad significativamente mayor durante el ciclo universitario. El trabajo aporta algunas claves para el manejo emocional del alumnado en futuras crisis.