Este artículo explora el entramado político que envolvió la fundación de las universidades de Lima y de México en 1551. Se propone que el origen y las primeras décadas de funcionamiento de ambas instituciones formó parte del tenso proceso de edificación de la autoridad real de la monarquía hispana en el Nuevo Mundo. Esta tensión surgió por las disputas entre los distintos grupos de poder que se instalaron en estos territorios y que compitieron por mantener e incrementar su influencia en este proceso. Estas disputas, como también se propone en este artículo, tomaron formas distintas en Lima y México, pues el nivel de poder e influencia de encomenderos, virreyes, arzobispos y órdenes religiosas que se enfrentaron a lo largo de varias décadas para controlar las distintas instituciones que se establecieron luego de la conquista, fueron completamente diferente en los dos territorios.