La enseñanza de las ciencias actualmente se centra en el desarrollo de habilidades de los estudiantes, las cuales se desarrollan de manera progresiva a lo largo de la enseñanza. En este sentido, se propone una secuencia de aprendizaje basada en la investigación científica escolar, con el objetivo de que los estudiantes investiguen sobre microorganismos y enfermedades y así tomen decisiones informadas sobre el autocuidado. Se llevó a cabo una investigación acción, a partir de la observación previa del aula, donde se diagnosticó que los estudiantes no tenían desarrolladas las habilidades de construcción de argumentos a partir de evidencia científica y del análisis autónomo o grupal de estas, en consecuencia se diseñó una metodología donde se consideraron las concepciones iniciales, el contexto y los recursos disponibles por los estudiantes para así guiar la investigación científica escolar, con el fin de promover el desarrollo de habilidades para la concientización sobre las enfermedades causadas por microorganismos. Los resultados obtenidos evidenciaron que la metodología propuesta logró el desarrollo de habilidades de los estudiantes relacionados con la investigación, ya que a partir de ellos se observaron distintos tipos de respuestas, reflexiones y formas de comunicación.