Introduction: The progressive increase of obesity in the Chilean school population is worrisome, both in ethnic and non-ethnic populations. The purpose of the study was to compare the dietary frequencies of the main macronutrient in the diet and the nutritional status of preschoolers belonging or not to native peoples of northern and southern Chile. Material and methods: There evaluated 166 preschoolers (90 San Pedro of Atacama and 76 Padre Las Casas) with an age in months of 61,05 + 6,60, with ethnic diversity and nationalities (Lickan antai, Mapuche, Aymaras, Peruanos, Bolivians and Chileans). They participated of the investigation of voluntarily. Information collected with regard to food frequency, ethnic ancestry, age, weight, height, circumference waist (Cw), and body mass index (BMI). Results: It was not found a increase trend to the prevalencia of overweight or obesity in any of the studied groups, at the same time, it can be outlined in the etnia mapuche a greatest frequency of food consumption of the groups of dairy, potatoes, legumes, and sugars; while for the etnia lickan antai, a high consumption of eggs, fruits and vegetables comparing these two ethnicities. Conclusion: concluded that there is exists a better quality of feeding in San Pedro of Atacama, however, it stand outed high prevalence of malnutricio?n for excess, while in Padre Las Casas, it stand outed the consumption of simple sugars. It is advisable to realize associations between genetic variants, ingestion of food and the nutritional status.Introducción: El aumento progresivo de la obesidad en la población escolar chilena es preocupante, tanto en poblaciones con etnia y sin etnia. El propósito del estudio fue comparar las frecuencias alimentarias del principal macronutriente en la dieta y el estado nutricional de preescolares pertenecientes o no a pueblos originarios del norte y sur de Chile. Material y métodos: Se evaluaron 166 preescolares (90 San Pedro de Atacama y 76 Padre Las Casas) con una edad en meses de 61,05 + 6,60, con diversidad étnica y nacionalidades (Lickan antai, Mapuche, Aymarás, Peruanos, Bolivianos y Chilenos). Participaron de la investigación de forma voluntaria. Se recolectaron datos respecto a frecuencia alimentaria, ascendencia étnica, edad, peso, talla, circunferencia cintura (CC), e índice de masa corporal (IMC). Resultados: No se encontró? una mayor tendencia a la prevalencia de sobrepeso u obesidad en ninguno de los grupos estudiados, a la vez, se puede destacar en la etnia mapuche una mayor frecuencia de consumo alimentario de los grupos de lácteos, papas, legumbres, y azúcares; mientras que para la etnia lickan antai, existe un mayor consumo de huevos, y frutas y verduras comparando estas dos etnia. Conclusiones: Se concluye que existe una mejor calidad de alimentación en San Pedro de Atacama, sin embargo, se destaca mayor prevalencia de malnutrición por exceso, mientras que en Padre Las Casas, se destaca el consumo de azucares simples. Es recomendable realizar asociaciones entre variantes genéticas, ingesta de alimentos y el estado nutricional.