In 2010, in Chile the Ministry of Education (MINEDUC) in conjunction with the National Sports Institute (IND) applied for the first time the quality measurement system (SIMCE), in Physical Education, which consists of measuring of the students' physical fitness, considering five aspects: anthropometry, aerobic power, muscular strength-endurance, elastic-reflex strength, and hamstring-lumbar movielasticity. Objective: To analyze the physical condition and anthropometric measurements of the students of municipal schools of the Valparaíso Commune and the Juan Fernández Archipelago, between the years 2015 and 2016. Method: Descriptive and comparative study developed under a quantitative paradigm. 71 students from Juan Fernández and 521 from the Valparaíso commune (245 men and 276 women) participated. Weight, height, waist circumference, 4 skinfolds were measured; Long jump on foot together, Flexo-Extensions of elbows in 30 seconds, Abdominal Dynamic Resistance Force in 1 minute and Hamstring-Lumbar Movielasticity and Aerobic Power. Results: The findings indicate that there is no significant difference (p≤0.05) in any of the measured variables, but when grouped in accumulated percentages by category, the measures favor the island students of Juan Fernández. The results allow to alert the authorities responsible for educational and health organizations in Chile to design and correct existing public policies with the purpose of helping to promote school health in Chile.En el año 2010, en Chile el Ministerio de Educación (MINEDUC) en concomitancia con el Instituto Nacional del Deporte (IND) aplicaron por primera vez el sistema de medición de la calidad (SIMCE), en Educación Física, el cual consiste en la medición de la aptitud física de los estudiantes, considerando cinco aspectos: antropometría, potencia aeróbica, fuerza-resistencia muscular, fuerza elástico-refleja y movielasticidad isquiosural-lumbar. Objetivo: Analizar la condición física y medidas antropométricas de los estudiantes de colegios municipales de la Comuna de Valparaíso y del Archipiélago Juan Fernández, entre los años 2015 y 2016. Método:Estudio descriptivo y comparativo desarrollado bajo un paradigma cuantitativo. Participaron 71 estudiantes de Juan Fernández y 521 de la comuna de Valparaíso (245 hombres y 276 mujeres). Se midieron el Peso, Talla, Perámetro de Cintura, 4 Pliegues Cutáneos; Salto largo a pie juntos, Flexo-Extensiones de codos en 30 segundos, Fuerza Resistencia Dinámica Abdominal en 1 minuto y Movielasticidad Isquiosural-Lumbar y Potencia aeróbica. Resultados:Los hallazgos indican que no existe diferencia significativa (p?0.05) en ninguna de las variables medidas, pero al agruparse en porcentajes acumulados por categorí­a, las medidas favorecen a los estudiantes insulares de Juan Fernández. Los resultados permiten alertar a las autoridades responsables de organismos educacionales y de salud en Chile para diseñar y corregir las políticas públicas existentes con el propósito de ayudar a la promoción de la salud escolar en Chile.