Con la libertad de prueba determinada en la nueva legislación procesal penal, la prueba pericial especialmente médico-legal, se ve enfrentada a situaciones problemáticas que dicen relación con su procedencia, forma y postulados que deben ser cumplidos para que ésta tenga calidad de prueba científica. Por una parte, queda entregada a la decisión del Fiscal en su necesaria investigación y por otra, a la del Juez de Garantía que autorizará su práctica, siempre en el cumplimiento de condiciones que esta nueva legislación señala, lo que en ciertos casos resulta difuso en cuanto su determinación y cumplimiento en la práctica de la gestión pericial de especialidad. Así también, otras disposiciones de este procedimiento no condicen con principios tan caros a la ciencia médico-legal en la ejecución de sus peritajes, donde no se aprecia el cumplimiento estricto de la autonomía científica del perito, integralidad en la ejecución del peritaje e integridad del concepto biológico en la estructura de la norma jurídica. Junto con tratar de absolver algunas dudas que crea esta nueva legislación, observamos así también que existen discordancias con la legislación orgánica del Servicio Médico Legal y disposiciones liberatorias de prueba que se consignan en dicho procedimiento.the freedom of evidence determined in the new judicial system, the expert proof, in particular the medical-legal one, faces problems related to its legal basis and tenets that must be adhered to so that it has the quality of scientific proof. On the one hand, it is the prosecutor’s decision to look into the proof and, on the other, it is the Juez de Garantía (Juez de Garantía is a judge who must warrant that the rights of all those who are involved in the proceeding be protected), who will authorize its practice, provided that the conditions this new legislation stipulates are complied with, which in some cases turns out to be unclear as far as its determination in and compliance with the practice of specialists’ expert procedure is concerned. Likewise, other stipulations within this procedure are not consistent with tenets held so dear to the medical-legal science in the practice of its expert appraisal, where the strict compliance of the expert’s scientific autonomy, completion of the expert appraisal practice, and integration of the biological concept into the legal system cannot be noticed. In addition to attempting to dispel some doubts arising from this new legislation, it is also observed that there are discrepancies between the Legal Medical Service’s organizational law and liberating stipulations of evidence such proceeding makes.