El artículo aborda los desafíos metodológicos que implica hacer etnografía de la intelectualidad étnica. Para ello, se contempla la comparación de dos trabajos de campo elaborados en diferentes áreas de estudio. En el primer caso, se considera la intelectualidad purhépecha en el Estado de Michoacán, México. El segundo caso, aborda los intelectuales aymaras de la región de Arica y Parinacota en Chile. Se concluye que toda etnografía de los intelectuales étnicos, debe estar orientada por una propuesta teórico-metodológica que combine tanto modelos de intelectualidad, como nociones genéricas sobre etnicidad. Solo de esta manera, el investigador dispondrá de los criterios metodológicos de discriminación, tanto para la selección de los sujetos de estudio, como para la definición de los observables que se pretenden registrar.