Background: The international recommendations of antiretroviral treatment include resistance tests to guide the treatment regimen in each patient, which is not available on a regular basis in Ecuador. Aim: To describe mutations that confer resistance to antiretrovirals in a population of Ecuadorian patients. Methods: Plasma samples from 101 HIV-1 patients with failure to antiretroviral therapy, divided into 15 children and 86 adults, were studied with the GS Junior (Roche) and the sequences were analyzed with the DeepChek program. Results: The most frequent mutations were M184V/I, K101E/P/H, K103N/S, D30N, M46L/I, I54L/M, V82T/F/A/S/L and L90M in adults and F77L, K103N/S, M46L/I, V82T/F/A/S/L and L90M in children. High resistance to non-nucleoside reverse transcriptase (RT) inhibitors in minority viral populations of adults and children (34.9% and 70%) was detected; in children both viral populations (majority and minority viral populations) (> 45%) were protease inhibitor resistant. Patients who had a greater number of therapeutic regimens had higher levels of resistance to antiretrovirals. Most of the samples were subtype B in the TR and protease region, and CRF25_cpx in integrase. Conclusions: Mutations and resistance to antiretrovirals are shown in a population of Ecuadorian patients with HIV-1. These results will make it possible to issue a warning to health authorities about the need for resistance studies.Introducción: Las recomendaciones internacionales de tratamiento anti-retroviral incluyen pruebas de resistencia para orientar el régimen de tratamiento en cada paciente, lo que no está disponible de forma estable en Ecuador. Objetivo: Describir las mutaciones que confieren resistencia a anti-retrovirales en una población de pacientes ecuatorianos. Metodología: A partir de muestras de plasma de 101 pacientes con VIH-1 con fallo a la terapia anti-retroviral, 15 niños y 86 adultos, se realizó pirosecuenciación con el GS Junior (Roche) y se analizaron las secuencias con el programa DeepChek. Resultados: Las mutaciones más frecuentes fueron M184V/I, K101E/P/H, K103N/S, D30N, M46L/I, I54L/M, V82T/F/A/S/L y L90M en adultos, y F77L, K103N/S, M46L/I, V82T/F/A/S/L y L90M en niños. Se encontró una elevada resistencia a los inhibidores de la transcriptasa reversa (TR) no análogos de nucleósidos en poblaciones minoritarias virales de adultos y niños (34,9 y 70%, respectivamente), en los niños, tanto las poblaciones virales mayoritarias como minoritarias, fueron resistente a inhibidores de proteasa (> 45%). Los pacientes que tuvieron un mayor número de esquemas terapéuticos presentaron mayores niveles de resistencia a los anti-retrovirales. La mayoría de las muestras fueron del subtipo B en la región de la TR y proteasa, y CRF25_cpx en integrasa. Conclusiones: Se muestran las mutaciones y la resistencia a antiretrovirales en una población de pacientes ecuatorianos con infección por VIH-1, que permitirán realizar un llamado de alerta a las autoridades de salud sobre la necesidad de realizar estudios de resistencia.