Fecal microbiota transplantation (FMT) is a highly effective therapy in recurrent Clostridium difficile. The best route to administrate the fecal matter has not been established yet. However, the lower gastrointestinal route by colonoscopy is effective and safe, presenting a higher acceptance by patients. In addition, this route allows an evaluation of colonic mucosa seeking for differential diagnostics. We present a case series of FMT performed in our institution by colonoscopy, highlighting outcomes and practical aspects for its implementation.El trasplante de microbiota fecal (TMF) constituye una terapia altamente eficaz en la infección por Clostridium difficile (ICD) recurrente. La mejor vía de administración del material fecal aún no ha sido establecida; sin embargo, la vía baja a través de colonoscopía resulta eficaz, segura y de mayor aceptación por los pacientes, permitiendo además el examen de la mucosa del colon en busca de diagnósticos diferenciales. Presentamos una serie de casos de TMF realizados en nuestra institución a través de colonoscopía, destacando los resultados y aspectos prácticos para su implementación.