El artículo presenta los resultados del proyecto FONDECYT 1060622 “El sistema de creencias y prácticas pedagógicas del docente universitario y su implicancia en el proceso de enseñanza aprendizaje” cuyo objetivo consiste en develar las creencias de académicos sin formación pedagógica de dos universidades chilenas, pertenecientes al Consejo de Rectores. Se utilizó una entrevista semiestructurada que se aplicó a 30 académicos de las áreas de Ciencias Sociales, Ciencias Forestales, Ciencias Biológicas, Ingeniería, Trabajo Social y Periodismo. Durante el año 2006 se elaboraron y validaron instrumentos como pautas de observación de los eventos en el aula, cuestionario para el profesor, observaciones grabadas, entrevistas, pauta de evaluación de resultado de aprendizaje de los estudiantes y actividades de auto reflexión. Los instrumentos fueron aplicados el año 2007. Las observaciones de las interacciones que ocurren en las aulas universitarias, evidenció percepciones distintas respecto al desempeño de los académicos, su docencia y los resultados de aprendizaje logrado por sus estudiantes.Los resultados se presentan en tres dimensiones interactuantes; el profesor y los estudiantes; los estudiantes y el proceso de aprendizaje; los contenidos y la metodología.Los académicos universitarios sostienen a nivel discursivo creencias pedagógicas diversas. Algunos de los problemas reiterados por los profesores es la adaptación al nuevo curriculum, comprender los nuevos escenarios, trabajar nuevas metodologías y obtener mejores aprendizajes. En este contexto el entrenamiento en pedagogía universitaria es necesario y urgente.