El Ministerio de Educación (MINEDUC) en Chile ha optado por nuevas direcciones de mejoramiento en la escolaridad a nivel nacional, a través de nuevas propuestas curriculares denominadas Mapas de Progreso del Aprendizaje (MPA), los cuales proponen una guía al trabajo en el aula de clases, a través de la promoción de habilidades, contenidos y dominios predefinidos según cada disciplina, contribuyendo a la calidad y equidad en los sistemas educacionales, en especial aquellos dependientes del Estado. En este contexto, el objetivo es analizar la congruencia entre las habilidades incorporadas por profesores de NM1 del sector de Biología, Química y Física, en las planificaciones e instrumentos de evaluación en una unidad didáctica y en las habilidades del nivel 5 de los MPS de Ciencias naturales en Liceos municipales de Talcahuano. Así, la presente investigación se enmarca en un enfoque cualitativo de tipo fenomenológico; para la recolección de datos se utilizó técnicas de observación, análisis de documentos, metodología Delphi y focus groups. En este sentido, los resultados mostraron que los profesores de Ciencias Naturales, en la mayor parte de los casos, presentan desvinculación en la implementación de las habilidades y contenidos científicos en los instrumentos evaluativos, argumentando variados factores que influyen en el desarrollo y construcción de sus clases.