The economy of innovation has categorized the incoming spillovers as one of the most important factors to encourage firms to enter into cooperation agreements in innovation (R & D). Based on this idea, the present empirical research sought to analyze the heterogeneous effects of the different types of spillovers (public, institutional, vertical and horizontal) on the decision of cooperation in innovation of the Chilean firms. For this purpose, the article analyzes the effect of spillovers on different types of cooperation agreements made by SMEs and large companies. Using the 9th Innovation Survey (2013-14) and applying a probit model with instrumental variables for each of the spillovers, it was found that there are indeed heterogeneous effects of the different incoming spillovers on the implementation of cooperation agreements in innovation. In particular, the paper emphasizes that the effect of institutional spillovers is greater for small and medium-sized enterprises, suggesting the importance of the flow of knowledge from universities and R & D institutes on innovation cooperation.La innovación ha categorizado a los incoming spillovers como uno de los factores más importantes para incentivar a las firmas a realizar acuerdos de cooperación en innovación. A partir de esta idea, la presente investigación empírica busca analizar los efectos heterogéneos de los distintos tipos de spillovers (públicos, institucionales, verticales y horizontales) sobre la decisión de cooperación en innovación de las firmas chilenas. Para ello se estudió el efecto de los spillovers sobre distintos tipos de acuerdos de cooperación realizados por pymes y grandes empresas. Utilizando la 9a Encuesta de Innovación (2013-2014) y aplicando un modelo probit con variables instrumentales para cada uno de los spillovers, se encontró que existen efectos heterogéneos de los distintos incoming spillovers sobre la realización de acuerdos de cooperación en innovación. En particular, se destaca que el efecto de los spillovers institucionales es mayor para las pequeñas y medianas empresas, lo que sugiere la importancia del flujo de conocimiento desde universidades e institutos de I+D sobrela realización de cooperación en innovación.