En el año 2010, en Chile el Ministerio de Educación (MINEDUC) en concomitancia con el Instituto Nacional del Deporte (IND) aplicaron por primera vez el sistema de medición de la calidad (SIMCE), en Educación Física, el cual consiste en la medición de la aptitud física de los estudiantes, considerando cinco aspectos: antropometría, potencia aeróbica, fuerza-resistencia muscular, fuerza elástico-refleja y movielasticidad isquiosural-lumbar. Objetivo: Analizar la condición física y medidas antropométricas de los estudiantes de colegios municipales de la Comuna de Valparaíso y del Archipiélago Juan Fernández, entre los años 2015 y 2016. Método: Estudio descriptivo y comparativo desarrollado bajo un paradigma cuantitativo. Participaron 71 estudiantes de Juan Fernández y 521 de la comuna de Valparaíso (245 hombres y 276 mujeres). Se midieron el Peso, Talla, Perímetro de Cintura, 4 Pliegues Cutáneos; Salto largo a pie juntos, Flexo-Extensiones de codos en 30 segundos, Fuerza Resistencia Dinámica Abdominal en 1 minuto y Movielasticidad Isquiosural-Lumbar y Potencia aeróbica. Resultados: Los hallazgos indican que no existe diferencia significativa (p≤0.05) en ninguna de las variables medidas, pero al agruparse en porcentajes acumulados por categoría, las medidas favorecen a los estudiantes insulares de Juan Fernández. Los resultados permiten alertar a las autoridades responsables de organismos educacionales y de salud en Chile para diseñar y corregir las políticas públicas existentes con el propósito de ayudar a la promoción de la salud escolar en Chile.