El artículo presenta una metodología para el diseño de las organizaciones, basándose en dos macro procesos: el primero transforma los requisitos de la organización en formatos estructurales y estrategias; el segundo define una red de procesos a través de la cual se alcanzan los objetivos. La norma ISO 9001:2000 incluye este requisito como una buena práctica de gestión. La metodología empleada se basó en estudio de casos y se han considerado las relaciones entre las soluciones estructurales y los modelos de gestión de los procesos adoptados en 16 empresas portuguesas con los Sistemas de Gestión de la Calidad (SGC) certificados ISO 9001:2000. Este estudio validó el segundo macro proceso. Se concluye que los modelos de gestión por procesos son conceptuales y están en general desalineados con los objetivos estratégicos. No fue verificada ninguna relación causal entre modelos de procesos y formatos estructurales.