En este trabajo, se determinó la topografía de almidones termoplásticos (TPS) agrio de yuca y nativo de papa, mediante microscopía de fuerza atómica (AFM), durante un periodo de 120 días de almacenamiento. Mezclas de almidones agrios (fermentados) de yuca y nativo de papa, y glicerina, se procesaron en un extrusor de husillo sencillo. Láminas de TPS agrio de yuca (SCTPS) y nativo de papa (NPTPS), se observaron y midieron por AFM (en modo contacto). Sus superficies mostraron incremento en rugosidad y partes lisas solo a altos contenidos de plastificante, pero SCTPS siempre tuvo menor rugosidad que NPTPS, debido a la fermentación natural del almidón agrio. Estos cambios se relacionaron con el tamaño, la forma del gránulo y particularmente con el contenido de plastificante. Los NPTPS de mayor rugosidad presentaron separación de fases a los 120 días, dada la retrogradación de las moléculas del almidón, que tienden a formar cristalitos. Estos resultados indican que el almidón agrio de yuca puede retardar la retrogradación de almidones termoplásticos, lo cual es importante durante el desarrollo de nuevos empaques biodegradables.