Se estudiaron proteínas y péptidos presentes en el lactosuero fresco y luego de su procesamiento para transformarlo en una base fluida apta para preparar bebidas funcionales. Con la técnica SDS-PAGE (electroforesis en gel de poliacrilamida con dodecilsulfato sódico) se halló una digestión total de proteínas de alto peso molecular como lactoferrina y seroalbúmina. Las cadenas pesadas de inmunoglobulinas sufrieron una digestión parcial y las cadenas livianas no fueron afectadas. Las proteínas mayoritarias β-lactoglobulina y α-lactoalbúmina tampoco sufrieron modificaciones. El análisis peptídico del lactosuero fresco y la base fluida mostró un profundo cambio del perfil post fermentación, con una distribución de 1.000 a 6.000 Dalton. El rango de péptidos pre-fermentación fue de 1.500 a 18.000 Dalton. El proceso de fermentación provocó un descenso de pH a 3.5 y aumento la estabilidad térmica de las proteínas. Los resultados permiten concluir que el lactosuero transformado por este método es una base fluida apta para diseñar bebidas funcionales.