Se plantea la solución del problema de programación óptima de horarios escolares de una escuela pública Colombiana. Esto se hace considerando no solo la asignación adecuada de salones y docentes sino también los ritmos cognitivos que presentan los estudiantes como el factor más importante en el proceso de optimización. Se propone como método de solución el Algoritmo Genético de Clasificación No-dominada, NSGA-II. Los resultados muestran una mayor eficiencia del algoritmo en comparación con otros aplicados al mismo problema y evaluados en la misma forma. A nivel experimental, la metodología evidencia que los grupos programados mediante la orientación descrita presentan una reducción en los niveles de mortalidad académica en comparación con una programación horaria que no consideran los ritmos cognitivos de los estudiantes