El artículo expone los principales supuestos teóricos y metodológicos de un programa de investigación en complejidad y transdisciplina, orientado en este contexto específico a cartografiar nodos epistemológicos críticos en formación inicial docente (FID). El marco referencial de la investigación, como su prospectiva metodológica, se centra en tres ejes de fractura cognitiva descritos para la FID, a saber: desvinculación teoría/praxis, disyunción formativa disciplina/pedagogía e incomunicación entre los diversos dominios disciplinarios de formación pedagógica. Se exponen los principales núcleos interpretativos de un trabajo de campo en tres contextos institucionales de FID en chile.