La presente investigación de enfoque cualitativo se realiza con la finalidad de conocer y analizar las representaciones de indagación científica, como enfoque didáctico y pedagógico, que proyectan 27 docentes de la Región de Aysén, Chile. La investigación fue llevada a cabo en el marco del Programa de Indagación Científica para la Educación en Ciencias (ICEC), implementado por la Universidad Alberto Hurtado, y consistió en el análisis interpretativo de esquemas rotulados que los docentes elaboraron en tres momentos del desarrollo del Curso de Especialización en Indagación Científica: al inicio, después de haber transcurrido la mitad del curso y, por último, al término de este, con la finalidad de conocer cómo cambia la visión de indagación científica durante el desarrollo del Curso ICEC. Para analizar los esquemas se consideró la visión de indagación científica definida a priori para el diseño de la propuesta formativa. Los resultados muestran que los docentes, paulatinamente, incorporan conceptos y reemplazan otros, hacia concepciones que se aproximan a la visión de indagación científica que el Curso ICEC intenta promover. A partir de los resultados obtenidos se propone la introducción de modificaciones específicas en la propuesta formativa, con la finalidad de mejorar las oportunidades de aprendizaje en torno a la indagación científica para los docentes, en el marco del acompañamiento a las comunidades de aprendizaje, así como a los docentes de futuras implementaciones del Curso.