Los problemas epistemológicos de la psicopedagogía están relacionados con su desarrollo científico y profesional en el ámbito iberoamericano, sobre los cuales diferentes autores han aportado resultados científicos relevantes, de acuerdo con el contexto social y cultural donde han sido investigados. Sin embargo, la presencia e influencia de estos problemas epistemológicos de la psicopedagoga en Cuba ha sido poco estudiados en general y menos en la formación de doctores en ciencias pedagógicas. El objetivo del artículo es valorar los problemas epistemológicos que están presentes en las tesis de los doctorandos en estas ciencias, para la determinación de sus regularidades y su dinámica peculiar en el contexto cubano. El método empleado para la estructuración del trabajo fue el empírico descriptivo, se realizó una investigación exploratoria analítica con una metodología mixta, se aplicó la técnica de la observación participante a 11 doctorandos que en el 2019 expusieron sus resultados investigativos, a través de talleres de tesis. Los datos revelan la existencia de problemas epistemológicos  relacionados con la pertinencia de la fundamentación psicopedagógica asumida, la coherencia lógica entre las categorías y conceptos utilizados, el desconocimiento de las contribuciones de otros autores nacionales y extranjeros, las inconsecuencias entre la teoría y la metodología, así como la no correspondencia entre la validación empírica con los fundamentos teóricos. Estos resultados se corresponden con los hallazgos de otros autores cubanos e iberoamericanos, por lo que constituyen una dificultad recurrente en la formación doctoral asociados a deficiencias en esta formación académica e investigativa. Pero el carácter exploratorio de este estudio y el reducido número de la muestra exigen de la obligatoria continuidad investigativa para el logro de la necesaria certeza científica.