El artículo describe las relaciones entre competencias, profesionalización y su in­fluencia en la calidad y funcionalidad, en instituciones de Educación Superior en México y Co­lombia; presentando un panorama comparativo de lo que las caracteriza a cada una de ellas; desde la percepción del estudiante, evaluar la funcionalidad de las instituciones, si es pertinente con las necesidades de la sociedad y por otro lado, evaluar las competencias genéricas que el alumno domina al egresar. En el caso de México se utilizó una muestra de tres universidades; con un total de 400 estudiantes; para Colombia participaron dos universidades con un total de 234 alumnos. Es un estudio de diseño cuantitativo, no experimental con un enfoque descriptivo; se utilizaron 4 instrumentos: datos de identificación, cuestionario de funcionalidad, escala de valores; y escala de competencias. Los resultados indican que las universidades mexicanas deben mejorar sus indicadores apoyando la movilidad e investigación. Los estudiantes de Colombia reportan promedios más positivos para valores asociados al trabajo en equipo y responsabilidad social. En México y Colombia los universitarios perciben a la escuela como “funcional”; es decir, pertinencia, relevancia, eficacia y eficiencia por parte de sus instituciones. En ambos casos se tiene que propiciar que los alumnos participen en programas de intercambio, investigación y se involucren con su universidad para fomentar y difundir el conocimiento; con el propósito de mejorar la percepción de funcionalidad sobre todo en los conglomerados con puntajes menos positivos en valores, importancia y realización de competencias.PALABRAS CLAVE. Competencias; Funcionalidad; Profesionalización; Calidad.Doi: 10.21703/rexe.20191838figueroa5