Más allá de las discusiones políticas sobre su existencia o funcionalidad, la Educación Sexual Integral es un tópico de contingencia nacional que se enfrenta a un escenario educativo adultocentrista, patriarcal y mercantil que pone en tensión su efectividad e implementación, y que evidencia la necesidad de metodologías participativas capaces de incluir a actores sociales en proceso de desarrollo. El presente artículo comparte reflexiones sobre la potencialidad del uso de metodologías participativas para enfrentar los desafíos de la Educación Sexual Integral, a partir de la sistematización de experiencias de un programa de convivencia escolar y educación sexual impulsado por Fundación Semilla, organización no gubernamental que trabaja temas de convivencia escolar y Educación Sexual Integral. En primer lugar, se describe el escenario educativo chileno y las miradas desde las epistemologías del sur sobre este contexto, considerando el rol de las metodologías participativas. Luego, se aborda el proceso de sistematización y sus aprendizajes junto a Fundación Semilla. En este sentido, el proceso de sistematización de experiencias es un punto de partida para identificar claridades o aciertos que aportan a la construcción de un horizonte transformador desde la Educación Sexual Integral.Beyond the political discussions about its existence or functionality, Comprehensive Sexuality Education is a national contingency topic that faces an adultcentric, patriarchal and market-oriented educational scenario, which puts its effectiveness and implementation under strain, making evident the necessity of participatory methodologies capable of including social actors going through development processes. This article shares reflections on the potential use of participatory methodologies to address the challenges of Comprehensive Sexuality Education promoted by Fundación Semilla, a non-governmental organization that works on school coexistence and Comprehensive Sexuality Education, based on the systematization of experiences of a school coexistence and sexual education program. Firstly, it outlines the Chilean educational scenario and the perspectives from southern epistemologies in this context, regarding the role of participatory methodologies. Next, it discusses the process of systematization and its learnings alongside a Fundación Semilla. In this sense, the process of systematization of experiences is a starting point to identify insights or successes that contribute to the construction of a transformative horizon from Comprehensive Sexuality Education.