A partir de un estudio cualitativo de la bibliografía reciente, apoyado en los resultados de investigaciones empíricas realizadas en los últimos años sobre los Sistemas Agroalimentarios Localizados (SIAL), se discute el papel de la gobernanza entendida como proceso de toma de decisiones en las organizaciones identificadas con dichos sistemas. En este artículo se analizan tres enfoques de la literatura: el territorio, el anclaje biocultural de los alimentos y las relaciones de los SIAL con otros sistemas productivos, bienes y servicios localizados. La conjunción de estos tres elementos conduce a un planteamiento complejo de política que implica el conflicto y la coordinación de los actores socioterritoriales. Se enfatiza en la utilidad de conocer los mecanismos e instrumentos de la gobernanza para construir la agenda y los procesos de la política pública. De manera general, se concluye que la gobernanza entendida como la calidad de las decisiones bottomup, basadas en mecanismos de confianza y reciprocidad, ayuda a reconocer los conflictos en el territorio y a dar mayores elementos a las políticas de desarrollo territorial y de defensa de la producción y del mercado local.