En este artículo se asume una concepción epistemológica sistémica y de la complejidad que sirve de cimiento para una teoría del pensamiento configuracional en las ciencias humanas y sociales. Se esbozan nociones y conceptos significativos que nos permiten configurar dicha teoría a partir de su ontología y episteme. Esta reflexión se argumenta, se desarrolla y se consolida a partir de las nuevas teorías de sistemas autopoiéticos (Maturana) y autorreferentes (Luhmann), así como de la Teoría Holístico-Configuracional esbozada por Fuentes.