This research describes the relationship between rationality and the design of strategic decisions and intends to define how cognitive flexibility and conflict can affect the rationality level in the strategic decision-making process. To this end, the study chose a sample of 71 universities in Chile and Spain. Results from this research demonstrate that 72.5% (p < 0.01) of the strategic decisions design responds to the rationality level in which these decisions are made. On the other hand, 79.0% (p < 0.01) of the rationality respond to the level of cognitive flexibility and conflict in the strategic decisions making process. Hence, the strategic decisions making process needs high levels of cognitive flexibility and conflict for university institutions reach success in the design of decisions as such.Esta investigación describe la relación entre la racionalidad y el diseño de las decisiones estratégicas, e intenta determinar en qué medida la flexibilidad y el conflicto cognitivos pueden afectar el grado de racionalidad del proceso de toma de decisiones estratégicas. Para este efecto, se trabaja con una muestra de 71 universidades de Chile y España. Los resultados de la investigación prueban que el diseño de las decisiones estratégicas es explicado en un 72,5% (p < 0.01) por el grado de racionalidad con el cual se adoptan dichas decisiones. La racionalidad puede ser explicada en un 79,0% (p < 0.01) por el grado de flexibilidad y conflicto cognitivos del proceso de toma de decisiones estratégicas. Por consiguiente, para tener éxito en el diseño de estas decisiones en las instituciones universitarias se requieren altos grados de flexibilidad y conflicto cognitivos en el proceso de toma de decisiones estratégicas.