As starting point, this paper takes the idea that the Chilean higher education system - as a result of reforms by the beginning of eighties – shows important institutional shortcomings to face today challenges. After analyzing those shortcomings, it discusses and submits factors to consider in defining a new institutionalism providing suitable incentives for the higher education system to work accordingly to challenges of this new century. El presente ensayo parte de la premisa de que el sistema de educación superior chileno –configurado a partir de la reforma de principios de los años ochenta– presenta deficiencias institucionales importantes para enfrentar los desafíos que hoy se le presentan. A partir de la revisión de éstos, se analizan y presentan elementos para considerar en la definición de una nueva institucionalidad que busque generar los incentivos adecuados para un funcionamiento del sistema de educación superior acorde a los desafíos país del siglo XXI.