This study aimed to explore the potential relationship between academic performance, socio-academic background, and student perception of the Flipped Learning (FL) pedagogical strategy over a five-year period in a health related subject. The goal was to identify the actual benefits of FL in university education. A total of 385 students participated in this longitudinal study, with 77.7% having prior experience with FL. It was observed that students with a higher grade in secondary education and with economic benefits approved in a higher percentage, while students from private schools presented a higher failure rate in the same subject. In addition, a direct association between positive perception and approval was observed in higher courses, but not in freshmen years , where the use of FL did not have the expected effects. By comparing student performance, academic background, socioeconomic conditions, and perception, it was concluded that FL is effective for higher-level students but not for those in initial courses. These findings prompt reflection on the significance of context in implementing pedagogical innovations and highlight the need for further research in university education.Este estudio se centró en la búsqueda de la posible relación entre rendimiento académico, antecedentes socio académicos y percepción de las y los estudiantes que utilizaron la estrategia pedagógica Flipped Learning (FL) en distintas cohortes durante cinco años, en una asignatura del área de la salud, con el fin de identificar los reales beneficios del FL en educación universitaria. En este estudio, de tipo longitudinal, participaron 385 estudiantes, y 77,7% tuvo experiencia con FL. Se observó que estudiantes con mayor nota de enseñanza media y con beneficios arancelarios, obtuvieron un mayor índice de aprobación, mientras que estudiantes de escuelas privadas presentaron una mayor reprobación en la asignatura. Además, se observó una asociación directa entre percepción positiva y aprobación en los cursos superiores, no así en cursos de primer año en los que el uso de FL no tuvo los efectos esperados. Tras comparar el rendimiento, antecedentes académicos, condiciones socioeconómicas y percepción de estudiantes, fue posible concluir que el uso de FL es exitoso para estudiantes de cursos superiores, pero no para estudiantes de cursos iniciales. Esto invita a la reflexión frente a la importancia del contexto en la aplicación de innovaciones pedagógicas, así como de la investigación en educación universitaria.