This paper helps to understand the challenges of the governance system at the Spanish universities more deeply. It is focused on three essential elements: institutional autonomy, participation in governance and accountability. The research method employed is document analysis and twenty-five interviews with experts. Autonomy is related to the ability to make a decision, laying out problems due to its spreading, development and control, without getting round the existing challenges between institutional autonomy and personal autonomy. Participation connects with tradition and it is reinforced by the democratic development of societies. Nevertheless, it suggests problems with representation- speed and number of participants-persons in charge of decision-making. Finally, accountability dilemmas have to do with the establishment of indicators and its own effects.El artículo profundiza sobre los retos a los que se enfrenta el sistema de gobernanza universitaria en España centrándose en tres aspectos básicos: la Autonomía institucional, la Participación en el gobierno y la Rendición de cuentas. El análisis considera aspectos documentales y un estudio de campo con veintitrés entrevistas.La autonomía se relaciona con la capacidad para tomar y desarrollar las propias decisiones, planteando los problemas ligados a su extensión, desarrollo y control, sin obviar las contradicciones existentes entre la autonomía institucional y la autonomía personal. La participación enlaza con la tradición y se refuerza con el desarrollo democrático de las sociedades, si bien plantea los dilemas de representatividad-rapidez y de número de participantes-responsables en la toma de decisiones. Por último, los retos de la rendición de cuentas tienen que ver con el establecimiento de indicadores y los efectos de la misma.