This research analyzes the scientific production of Chilean universities for the period 2013-2017 using a balanced panel data. The methodology uses an aggregate production function of the Cobb-Douglas type solved by means of a fixed effects panel data model, a Stochastic Frontier Analysis (SFA). The main results show that the models are equivalent and complementary in their analysis -They quantify the impact of financial resources and advanced human capital. The fixed effects model shows that the Chilean university system experiences increasing returns to scale, and the SFA model showed important efficiency gaps among universities. These results are relevant, since the models allow the follow-up and monitoring of public investment, of hiring programs by HEIs, and finally, the adequacy of public policies towards Science and Technology.Esta investigación analiza la producción científica de las universidades chilenas para el período 2013-2017 utilizando un panel de datos balanceados. La metodología utiliza una función de producción agregada del tipo Cobb-Douglas resuelto por medio de un modelo de datos de panel de efectos fijos un Análisis de Frontera Estocástica (AFE). Los principales resultados muestran que los modelos son equivalentes y complementarios en su análisis y cuantifican el impacto de los recursos financieros y capital humano avanzado. El modelo de efectos fijos muestra que el sistema universitario chileno experimenta rendimientos crecientes de escala, y el modelo SFA mostró importantes brechas de eficiencia entre universidades. Estos resultados son relevantes, ya que los modelos permiten el seguimiento, monitoreo de la inversión pública, de los programas de contratación por parte de las Instituciones de Educación Superior-HEI, y finalmente, de la adecuación de las políticas públicas hacia la Ciencia y la Tecnología.