Este artículo presenta un análisis de la interdisciplinariedad en relación con los proyectos integradores en dos universidades ecuatorianas, mediante una investigación descriptiva, exploratoria, que privilegia la utilización de métodos empíricos tales como el análisis documental, los talleres y la observación del desempeño de los estudiantes. El método hermenéutico-dialéctico constituyó la base filosófica del trabajo. Se revisó la concepción de los proyectos integradores a partir de los escritos teóricos, lo dispuesto en los documentos normativos de la educación superior ecuatoriana y su concreción en las facultades de Ingeniería Industrial y Sistema de dos universidades: Universidad Tecnológica Indoamérica de Ambato y Universidad Técnica Estatal de Quevedo. La triangulación de la información de las diferentes fuentes puso en evidencia los retos del trabajo interdisciplinar. Derivado de lo anterior, se ofrece una metodología que particulariza los procedimientos didácticos para guiar a los docentes en la implementación efectiva del enfoque interdisciplinario en los proyectos integradores.